Biology Core

Wistar Institute, Philadelphia PA

Investigators

Linked publications & trials

Abstract

Project Summary – Core C    The  Cell  Biology  Core  provides  major  resources  to  the  program  project  investigators,  including  normal  human  cells, an extensive library of characterized melanoma cell lines and patient-­derived xenografts (PDX) (Objective  1).    The  melanoma  cell  line  library  encompasses  >400  cell  lines,  at  least  200  with  known  genetic  status.  To  exclude  cross-­contamination,  all  experimental  cell  lines  are  fingerprinted.    Our  normal  cell  panel  includes:  melanocytes,  keratinocytes,  fibroblasts,  endothelial  cells,  and  skin-­derived  stem  cells.    The  PDX  panel  encompasses  now  >500  specimens.  They  have  been  characterized  for  metastasis  formation  and  ~250  have  been analyzed for mutations in 108 cancer-­related genes. Approximate 50 have been subjected to Whole Exome  Sequencing and  RNAseq.  >350 PDX have  been analyzed  for expression of >300  proteins.  We expect  that all  PDX will be analyzed during the course of the grant at a genome wide level for abnormalities at the DNA, RNA  and  protein  levels.  Other  resources  include  a  lentiviral  vectors  for  growth  factors,  adhesion  molecules,  and  oncogenes and monoclonal antibodies to melanoma-­associated biomarkers.     Three-­dimensional cultures of normal human skin (skin equivalents or organotypic cultures of skin) with a dermis  of  fibroblasts  embedded  in  collagen  and  an  epidermis  of  melanocytes/melanoma  cells  and  keratinocytes,  are  also continuously available to the program investigators (Objective 2). This three-­dimensional model is superior  to  standard  cell  culture  techniques  because  it  mimics  the  in  vivo  microenvironment  for  the  melanocytes/melanoma  cells.  For  screening  studies  the  Core  is  providing  a  robotics-­assisted  spheroid  culture  model that allows investigations on melanoma cells displaying in vivo relevant architecture, cell-­to-­cell contacts  and  invasion,  in the presence  of a  collagen  support  matrix.  Spheres are  enriched  in  cancer  stem-­like  cells and  can be used instead of spheroids. The Core additionally provides subcutaneous melanoma growth models for  standard  experiments,  including  patient-­derived  xenografts  that  are  exclusively  maintained  in  vivo  and  using  tissues provided by the Pathology Core B. A variety of metastasis models are available as are humanized mice  to study the interactions of immune cells with tumor cells.  Â