Epigenetic regulation of cellular plasticity and cancer cell fate

Boston Children'S Hospital, Boston MA

Investigators

Linked publications & trials

Abstract

Abstract  The cancer epigenome is markedly aberrant, and chromatin factors are commonly mutated in many  malignancies. Recent functional studies suggest that chromatin mis-­regulation can promote de-­differentiation  and self-­renewal of cancer cells. However, the epigenetic mechanisms by which cancer cell fate programs are  impaired are poorly understood. Here, I aim to address this question in two cancers that are clearly driven by  chromatin mis-­regulation: acute myeloid leukemia (AML) and pediatric high grade gliomas (HGGs) such as  diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG). AML driver mutations commonly involve translocations of chromatin  regulatory genes, and DIPG driver mutations occur in histone H3 in 80% of cases. Both AML and HGGs arise  in poorly-­differentiated cells, and I hypothesize that chromatin factors help sustain these improper  differentiation programs. ?Differentiation therapy? aims to treat such cancers by inducing cellular maturation to  disable self-­renewal and halt proliferation. While differentiation therapy has only been used in the  promyelocytic subtype of AML (APL), my preliminary data suggest that this approach may be successful in  non-­APL AMLs and HGGs if the critical epigenetic programs regulating cell fate can be identified and  manipulated. Indeed, we have already obtained leads on promising small molecule inhibitors and genetic  targets that promote differentiation. In this proposal, I will take similar strategies to interrogate the epigenetic  basis of AML and HGG cancer cell fate. My approach will involve (1) Integrative epigenomic profiling of  induced differentiation programs in genetically-­defined or patient-­derived cancer cell line models with relevant  drivers to identify a ?roadmap? to cancer cell differentiation, (2) High throughput CRISPR-­Cas9-­based  screening of these cellular models to identify chromatin factors that regulate differentiation, (3) Biochemical  analyses to identify the molecular mechanisms by which existing screen hits and those found in future screens  manipulate chromatin to influence cancer cell fate, and (4) Validation of findings in pre-­clinical animal models  and in clinical sample analyses. While I will lead all aspects of this investigation, I will have direct support from  several world authorities in AML and HGG. Ultimately, the goal of this project is to identify novel therapeutic  targets and approaches for AML and HGG. In the future, my aim is for this work to open the door to the  generalizable concept of using epigenetic manipulation to therapeutically target cancer cell identity programs.