A rapid, culture-free whole genome approach for characterizing complex metagenomics samples

Dovetail Genomics, Llc, Santa Cruz CA

Investigators

Abstract

Project Summary / Abstract  Dovetail  Genomics  has  adapted  our  in  vitro  proxity-­ligation  method  for  fecal  metagenomics  applications.  We  are  developing  a  powerful  and  efficient  approach  to  de  novo  metagenomics  assembly that will allow the research and biomedical communities to move beyond single locus  molecule counting or statistical inference. Successful development of this approach will provide  a  single,  integrated  workflow  for  accurate  assembly  of  all  major  constituents  of  complex  metagenomics  communities.  This  tool  will  enable  a  comprehensive  understanding  of  the  ways  our gut microbiome influences human health and disease.  In  this  project,  Dovetail  Genomics  will  develop  the  modifications  to  the  laboratory  procedures  necessary to efficiently capture and represent the diversity of microbes present in a human fecal  sample.  We  will  also  modify  and  develop  a  new  computational  approach  to  metagenomics  assembly  that  exploits  the  rich  datatype  that  we  generate.  This  computational  approach  will  achieve highly contiguous scaffolding and strain deconvolution. We envision a robust, fool-­proof  laboratory protocol and software product that allows a clinician to generate a comprehensive view  of the dynamic human gut microbial environment from a small fecal sample in a manner of days.