Purchase of a Q Exactive HF mass spectrometer system for metabolomics

Wistar Institute, Philadelphia PA

Investigators

Linked publications & trials

Abstract

PROJECT SUMMARY / ABSTRACT      This is a proposal to acquire a Thermo Q Exactive HF mass spectrometer and a conventional flow UPLC for a  range of metabolomics assays including untargeted (global) metabolite comparisons, flux analyses, and  lipidomics profiling (untargeted and targeted).  This instrument is needed to support 8 major users and 2 other  users at the Wistar Institute to conduct metabolism and lipidome studies involving 22 NIH grants.  Eight of  these users have multiple NIH grants that will benefit from the requested mass spectrometer system.  One of  the other users is Dr. Zachary Schug who does not yet have NIH funding because he recently moved from his  postdoctoral position in Scotland to the Wistar Institute.  Dr. Schug is a critical contributor to this proposal  because he has in-­depth expertise in all of the analytical approaches that will be used. It is estimated that this  user group will initially require nearly all available time on the requested instrument. However, we expect to  improve throughput with experience and anticipate that in future years the number of users will grow  substantially, thereby ensuring that this instrument will continue to be heavily utilized.  Acquisition of this  instrument and expansion of our metabolomics capacity is part of a strong institutional commitment driven by  the expanding role of metabolism in multiple aspects of cancer biology and other human diseases, coupled  with very limited and inadequate access to these technologies from external sources.  As a result, metabolism  studies at the Wistar Institute have sometimes not been pursued due to logistical barriers and studies that were  pursued sometimes suffered from the lack of adequate consultative expertise to ensure optimal experiment  design.  The requested system will be housed in the Wistar Institute Proteomics and Metabolomics Core  Facility under the supervision of the Facility?s Scientific Director, Dr. David Speicher.  Day-­to-­day maintenance  and operation of the instrument will be handled by Dr. Hamid Baniasadi, who trained in Dan Raftery?s lab and  has more than 8 years of experience with developing and using metabolomics assays. In addition, Dr. Zachary  Schug, who is a recently recruited assistant professor from Eyal Gottlieb?s lab, will provide expert consultative  advice and will train and educate users through training workshops, a metabolomics journal club, and  individual consultation as needed.  The Wistar Institute?s CEO and Cancer Center Director confirms the  Institute?s very strong commitment to implementing and maintaining state-­of-­the-­art metabolomics capacities.   Wistar has already invested more than $1.6M in metabolomics expertise and capacities.  Specific to this grant,  the Institute is committed to: 1) providing the $66,571 balance of the purchase price above the SIG cap, 2)  covering any costs associated with instrument installation, 3) ensuring support is available for expert operators  and instrument maintenance throughout its useful lifetime, and 4) ensuring that NIH funded investigators have  primary access to the instrument.