Monospecific monoclonal antibodies against human protein complexes on an interactome-wide scale.

Cdi Laboratories, Inc., Mayaguez PR

Investigators

Abstract

Project Summary    Antibodies can facilitate the study of associations between different proteins in the cell using a  technique  known  as  immunoprecipitation  (IP).  This  approach  can  reveal  differences  in  protein  associations  present  in  healthy  vs.  diseased  tissues,  provide  targets  for  diagnostics  and  therapeutics, and reveal protein--protein interfaces that could be druggable targets. It is widely  recognized that a lack of high quality antibodies against human proteins is negatively impacting  biomedical  science.  CDI  Laboratories,  Inc.,  has  developed  a  pipeline  that  employs  the  largest  content  full--length  human  protein  array  to  generate  quantifiably  monospecific  mouse  monoclonal  antibodies  (mAbs),  and  has  generated  a  large  number  of  mAbs  against  human  transcription  factors  (TFs).  The  PI  of  this  project  has  developed  methods  that  enable  and  optimize  the  capture  of  endogenous  protein  complexes  by  IP  in  conjunction  with  mass  spectrometry  analysis.  In  Phase  I  of  this  STTR  project,  Aim  1  will  characterize  anti--human  TF  mAbs  for  their  ability  to  IP  endogenous  cancer--related  TF  protein  complexes.  This  will  be  accomplished  initially  using  human  tissue  culture  cell  lines  to  establish  quantitative  functional  metrics  of  the  mAbs,  and  then  applied  to  protein  complexes  isolated  from  patient-­?derived  cancers. In Aim 2, cancer--related TFs will be used as bait for IP of native complexes, and novel  mAbs  will  be  generated  by  immunization  with  the  endogenous  TF  protein  complexes.  The  target  specificity  of  the  mAbs  will  be  determined  using  the  human  proteome  array,  yielding  a  catalog  of  new,  high  quality  mAbs  with  which  to  study  protein-­?protein  interactions  within  cancer cells. The long term goal of the project, which will be expanded and achieved in Phase II,  is the production of larger numbers of high quality mAbs against native human proteins that are  normally found as constituents of complexes in healthy and cancerous cells.